ERP系统实施设计完成后，将进入系统运行阶段，然而在系统的运行过程存在着数据、转换、二次开发、安全等风险。因此我们必须对运行过程中的各种风险加识别并给以控制，来保证系统的安全顺利运行。
一、提高数据的准确性与合理性
据有的专家说：ERP实施是“三分设计、七分管理、十二分设计”由此可见，数据在ERP系统实施过程中的最要性。所以企业运行ERP时，要做数据的收集、数据输入、数据处理的等工作，保证数据的准确性与合理性。
1.做好数据输入人员的合理分工
由于系统初始化的数据量和种类非常大，如果让一个人或几个人来完成可能会造成数据输入的混乱，为此我们必须在数据输入前做好严格的、合理的人员分工，保证数据输入工作更加有条不紊。比如按照财会、材料、固定资产、生产、库存、订单、供应商、销售、客户等来合理的分组与组内分工。
2.保证数据收集与输入准确性
数据正确性包括两方面的含义。首先，收集到的数据本身必须是正确的(即数据来源是正确的)，否则会造成“垃圾进、垃圾出”的数据处理有效率无效果现象;数据本身的正确性更多的依赖于企业各部门数据收集人员，他们应当保证上交数据是正确的，没有遗漏、重复，也没有过时、失实的数据。其次在把收集到的数据输入系统的过程中，不能引入任何附加的错误。
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